Diamond軟件是一個(gè)專業(yè)的晶體結(jié)構(gòu)繪制軟件，使用它可以讓你創(chuàng)建各式各樣的晶體模型，支持線狀，球棍狀或空間堆積狀，多面體形式等?？梢愿鶕?jù)用戶的需要自由旋轉(zhuǎn)、移動(dòng)和縮放，還可以對(duì)其上色和渲染。通過(guò)它就可以對(duì)化學(xué)分子式進(jìn)行進(jìn)一步的分析，擁有分子和聚合物擴(kuò)展、多面體、搜索結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)、自動(dòng)和批量創(chuàng)建結(jié)構(gòu)圖片等。

軟件特色

1、自動(dòng)和批量創(chuàng)建結(jié)構(gòu)圖片：

看到新的“自動(dòng)圖片造物主”對(duì)接窗格，自動(dòng)將建筑選項(xiàng)，圖片設(shè)計(jì)和查看方向的變化應(yīng)用到結(jié)構(gòu)圖上，新的“設(shè)計(jì)方案”作為一種樣式表，讓您輕松地轉(zhuǎn)換結(jié)構(gòu)圖片介紹或出版。

2、提高生產(chǎn)力：

閱讀鉆石4中的新工作模式，在探索晶體或分子結(jié)構(gòu)期間進(jìn)行更直觀的旋轉(zhuǎn)，移動(dòng)或縮放的“抓取模式”，在原子周圍的原子和分子的“鄰近預(yù)覽”(鍵，分子)鼠標(biāo)光標(biāo)，有幾個(gè)選項(xiàng)可以使用鼠標(biāo)滾輪來(lái)改變屬性(放大因子，放大/縮小，改變?cè)影霃?或改變周圍環(huán)境(炸掉多面體，擴(kuò)展分子簇等)(“鼠標(biāo)滾動(dòng)”)。

3、分子和聚合物的擴(kuò)展功能：

概述幾種選項(xiàng)來(lái)創(chuàng)建一個(gè)填充圖(單元格范圍，球形，平板或分子片)，關(guān)于非鍵合接點(diǎn)的支持和改進(jìn)的氫鍵處理。對(duì)于大分子或有機(jī)和無(wú)機(jī)聚合物(分子簇的擴(kuò)展，聚合物框架的生長(zhǎng)或切割，無(wú)機(jī)框架的抽吸)，還有幾個(gè)新的功能被應(yīng)用。

4、新的多面體功能：

原子場(chǎng)的“原子環(huán)境”各自作為新的選擇標(biāo)準(zhǔn)來(lái)定義配位多面體的原子(或配位球)。構(gòu)造多面體的幾何功能有幾個(gè)功能，如原子或鍵的構(gòu)造，多面體在同一原子間的點(diǎn)擊，復(fù)制和粘貼等多面體的組合或分裂?？纯碫oronoi多面體是如何構(gòu)建的。

5、搜索結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)：

閱讀有關(guān)訪問(wèn)晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)COD(“晶體學(xué)開放數(shù)據(jù)庫(kù)”)的信息，其中包括AMCSD(“美國(guó)礦物學(xué)家晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)”)以及IUCr期刊的CIF文件。

6、改進(jìn)的用戶界面：

查看新的或改進(jìn)的用戶界面元素，可以更好地集成和關(guān)聯(lián)不同的視圖(結(jié)構(gòu)圖，表格，粉末圖案等)。閱讀增強(qiáng)的可能性來(lái)預(yù)覽，調(diào)整和排列結(jié)構(gòu)圖片縮略圖，關(guān)于結(jié)構(gòu)參數(shù)集的顏色編碼，新的對(duì)接窗口“最近的圖片”，“撤銷緩沖區(qū)”和“視頻序列緩沖區(qū)”，新的“原子列表”數(shù)據(jù)窗格，創(chuàng)建的分子表以及以全屏視圖查看結(jié)構(gòu)圖的可能性。

軟件功能

1、粉末圖擬合

粉末衍射數(shù)據(jù)既能在表格也能在圖表中計(jì)算和顯示。結(jié)構(gòu)參 數(shù)變化表格和圖表自動(dòng)更新。

2、屬性面板和更多輔助視圖

新屬性面板根據(jù)現(xiàn)實(shí)狀況顯示信息。例如：選定原子的屬性，選定原子周圍距離，通過(guò)選定原子的最佳平面或者直線、 質(zhì)心。距離和角度表格提供直方圖和統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)支持對(duì)結(jié)構(gòu)參數(shù)數(shù)據(jù)簡(jiǎn)短概述。

3、模型單獨(dú)分配

在版本V2中，模型(球棍模型、空間結(jié)構(gòu)模型)為全局設(shè)置。V3版本中，可以將模型單個(gè)分配給選定的原子。這就意味著用戶可以在一個(gè)相同的圖片顯示球棍模型、空間結(jié)構(gòu)模型、橢圓體模型、棍狀模型或者線框模型。

4、創(chuàng)建POV-Ray場(chǎng)景

POV-Ray 助手幫助用戶創(chuàng)建相當(dāng)逼真的光線追蹤器圖像，顯示紋理、背景、光線追蹤、多光源。

5、幾何增強(qiáng)：平面、線等

平面可由hkl定義，或通過(guò)一組3個(gè)或更多的原子定義為最佳平面(或通過(guò)2個(gè)或者更多的原子定義為線)?？蓹z查平面度(線性度)。另外，還能交互計(jì)算或者測(cè)量原子距離平面和線的距離以及平面之間/線之間的角度。

常見問(wèn)題

1. Diamond出圖時(shí)怎么設(shè)置dpi數(shù)目

我在使用Diamond出圖時(shí)分辨率并不算小，可是編輯說(shuō)我的圖只有 96dpi，但雜志要求至少 600dpi,請(qǐng)問(wèn)我該怎么設(shè)置?

答: 在picture/layout.../對(duì)話框的Targets中選擇Bitmap，然后就可以自己輸入需要的分辨率了.要保存為位圖格式才可以。如果是JPG格式，還是 96dpi.

答: 呵呵，發(fā)現(xiàn)在 tools 下拉菜單的 option 里.

2. Diamond橢球圖陰影畫圖

如圖中所示，怎么畫出每個(gè)橢球中的陰影部分?我用的是 3.1d版本.

晶體結(jié)構(gòu)繪制軟件(Diamond) v4.1 官方版

答 : 這 個(gè) 是 在 diamond 中 的 '原 子 設(shè) 置 中 '中 選 的 ， 具 體 如 下 ： picture-------atomsdesign-------style and colors-------style 中選擇 octant 即可。

3. 怎樣建立氫鍵

我這兒有一個(gè) cif 文件，一個(gè) tab 文件和兩個(gè)已經(jīng)用 diamond 作好的圖，但不知道這兩個(gè)圖是怎么畫出來(lái)的，想知道作圖過(guò)程，請(qǐng) diamond 高手用 word 或 pdf 寫出作圖過(guò)程。

答：沒什么技術(shù)含量的吧，堆積一下，刪掉多余的原子，創(chuàng)建氫鍵就好。

4. 怎樣建立單個(gè)分子

diamond 一打開 cif，就是堆積圖，怎么才能顯示一個(gè)分子。

答：好像最新的更新包已經(jīng)改過(guò)這個(gè) bug 了。但是因?yàn)闆]有對(duì)應(yīng)的破解程序，所以俺還是用以前的 3.0，經(jīng)常遇到這個(gè)問(wèn)題。如果你的分子間沒有作用，即：沒有亂七八糟的鍵連在一起，選中一個(gè)原子，然后，ctrol+M, 選中一個(gè)分子，然后，反選，即選中除該分子之外的所有分子，然后一鍵 delete, 就 ok 了。如果分子連成片，就刪吧。

對(duì)于非中心分子，即含反離子的分子結(jié)構(gòu)要小心，不要把反離子漏掉了。當(dāng)然，如果不用畫就沒問(wèn)題了。以上拙見，僅供參考。

答：diamond 打開 cif 時(shí)選“建立單個(gè)分子”，然后點(diǎn)完成，不要點(diǎn)下一步。

5. 請(qǐng)教diamond畫C60 遇到的問(wèn)題

(1)我這個(gè) C60 在畫多面體的時(shí)候，中間 inset 的 atom 的半徑 在每個(gè)面上都要自己一個(gè)一個(gè)去設(shè)定 radium，有沒有同類原子半徑一起設(shè)置的?里面沒有找到。

(2)當(dāng)我把中間的 dummy 原子(就是為了畫多面體的時(shí)候新加入的)的半徑設(shè)為 0后，如果想改 C60 的每個(gè)面的顏色的畫，這個(gè)怎么改的?

(3)最后問(wèn)一下，我保存的圖片中背景的 diamond demonstrator 如何去掉。

答：1. 可以在 atom 設(shè)置里找到假原子直接設(shè)置 2. 以假原子為中心畫多面體 3. 你用的應(yīng)該是未破解版本。

6. diamond中如何在螺旋鏈中插入一根棒

diamond 中如何在螺旋鏈中插入一根棒，以及如何看結(jié)構(gòu)是單螺旋還是雙螺旋結(jié)構(gòu)，如何畫出單，雙螺旋結(jié)構(gòu)?

答：插入幾個(gè)啞原子，然后連鍵，進(jìn)行一些設(shè)置就可以了。前段時(shí)間有人傳了一些Diamond 的說(shuō)明，其中有一個(gè)文件就是詳細(xì)說(shuō)明這個(gè)棒怎么畫的。

找到了這個(gè)文件，感謝原作者 Crystalsnet，我把它上傳到納米盤，你自己下載下來(lái)看看就知道怎么做了。

答：在孔道兩側(cè)虛擬兩個(gè)原子，然后在這兩個(gè)原子間成建，設(shè)置一下鍵參數(shù)就可以了!

答：具體說(shuō)，選擇兩端的幾個(gè)院子，再找這幾個(gè)的中心位置，分別 insert atoms , 再 連接心連接， insert bond, 在按你的意思 edit the bond。

7. 如何去掉 M-C,M-H 連接

打開一個(gè)晶體數(shù)據(jù)后，在 connectivity 中把 M-C,M-H 去掉后。再點(diǎn) complete fragments后，這些 M-C,M-H 又連上了，求助高手。

答：點(diǎn)下connect now 再確定試試。

8. diamond里面如何定義元素化合價(jià)

怎么樣定義元素的化合價(jià)，然后使半徑比例隨之改變??默認(rèn)設(shè)置好像都是原子半徑。

答：?jiǎn)栴}解決了，在atomic parameter 里面。

9. diamond畫配位環(huán)境時(shí)到一定程度原子就長(zhǎng)不出來(lái)了，是怎么回事

今天用 diamond 畫配位環(huán)境時(shí)畫到一定程度(配位環(huán)境沒畫完)原子就長(zhǎng)不出來(lái)了，不知是怎么回事?請(qǐng)高手指點(diǎn)，謝謝!

答：試試在“Type of sphere”中把Rmax 值設(shè)大一些。

答：或者試試用小太陽(yáng)符號(hào)“Fill coordination directly"。

10. 修改 Diamond 的默認(rèn)單胞數(shù)

我不知道動(dòng)了什么參數(shù)讓 Diamond 的默認(rèn)單胞數(shù)為 2 了，也就是說(shuō)每次一打開就是兩個(gè)單胞里的不對(duì)稱結(jié)構(gòu)單元，在哪改回去吖?

答：菜單欄的picture-->guidance-->picture creation assistant-->destroy all atoms, bonds 項(xiàng)選勾，下一步-->在 fill cell range with 項(xiàng)里選擇需要的單胞數(shù)，按完成。OK!每次用diamond 打開cif 文件時(shí)，在引導(dǎo)項(xiàng)中注意選擇單胞數(shù)，就可以控制顯示的單胞數(shù)了。