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Ledock是一款非常好用的電腦軟件，非常適合科研人員使用，用戶可以使用本軟件進(jìn)行分子對接，并且軟件功能強(qiáng)大，支持大規(guī)模的虛擬篩選，運(yùn)行速度非常快，另外可以模擬小分子配體和受體生物大分子的相互作用，對Ledock感興趣的朋友快點(diǎn)來下載試試看吧！

Ledock

使用方法

軟件有兩個選項卡，其中LePro用于分子蛋白處理，可去除蛋白中的離子、金屬、水分子等，會生成分子對接要用到的IN文件。在確定了對接參數(shù)后，可使用LeDock項目來進(jìn)行分子對接。

一、蛋白準(zhǔn)備

在LePro標(biāo)簽的Protein input中選擇3cl0.pdb的路徑(注意路徑中不能含有中文)，然后軟件會自動在選擇在該路徑下生成pro.pdb(處理過后的蛋白的pdb文件)及dock.in(用于下步分子對接的參數(shù)文件)，點(diǎn)擊Add Hydrogen，上述2個文件就會立馬生成。dock.in文件包括了均方根偏差(RMSD)，Binding pocket及Number of binding poses。RMSD表示對接出來的構(gòu)象聚類時RMSD的截斷值;Binding pocket表示結(jié)合位點(diǎn)的3維坐標(biāo)，分別為Xmin Xmax，yminymax，Zmin Zmax;Numberof binding poses表示生成的構(gòu)象個數(shù)，經(jīng)聚類后產(chǎn)生的構(gòu)象數(shù)會少于之前所生成的數(shù)目。

二、分子對接

在LeDock標(biāo)簽的Protein input，Docking input中分別指定上一步生成的pro.pdb與dock.in文件的路徑，在Ligand input中指定需要進(jìn)行對接的配體——lig.mol2的路徑(該路徑需和前兩個文件的路徑相同，且對接的分子需要為mol2格式)。最后，點(diǎn)擊Start docking，會生成Iig.dok文件(對接產(chǎn)生的化合物構(gòu)象所在文件)，該文件可用Pymol來觀察化合物的構(gòu)象。