aminoXpress是致力于生物化學(xué)領(lǐng)域而設(shè)計(jì)的一款CAD應(yīng)用軟件，用戶能借助這款軟件對(duì)復(fù)雜的生物學(xué)等復(fù)雜問題進(jìn)行套用解析，為冗長的序列程序等提供一定的可行性。

軟件介紹

aminoXpress集成了生物化學(xué)家每天執(zhí)行的常見功能。除了傳統(tǒng)的序列輸入?yún)f(xié)議之外，該程序還提供了一種新的通過構(gòu)建模塊和相應(yīng)計(jì)數(shù)輸入序列的協(xié)議。這為程序處理非常復(fù)雜、分支、循環(huán)和冗長的序列提供了可能性。該程序還通過其用戶可定義的片段數(shù)據(jù)庫將其適用范圍擴(kuò)展到普通有機(jī)化學(xué)。

軟件功能

1.氨基酸分析:該模塊計(jì)算氨基酸分析結(jié)果的最佳殘基比。通過將水解過程中容易氧化的殘留物輸入“未優(yōu)化殘留物”部分，可以將對(duì)優(yōu)化結(jié)果的影響降至最低。

2.復(fù)合構(gòu)建模塊組成:該模塊基于構(gòu)建模塊(氨基酸、片段)擁有離散的重量值這一事實(shí)來識(shí)別意外產(chǎn)品的身份。掃描它們的組合后，偏差最小的更有可能是衍生產(chǎn)品。

3.消化模式:該模塊通過用戶定義的酶或化學(xué)模式預(yù)測消化產(chǎn)物。

元素分析:該模塊計(jì)算序列中不同元素的理論百分比。通過進(jìn)一步輸入每個(gè)元素的實(shí)驗(yàn)百分比組成，可以識(shí)別其經(jīng)驗(yàn)公式和/或其聚集體。

4.碎片化:該模塊預(yù)測質(zhì)譜中通過三種類型的鍵斷裂產(chǎn)生的碎片:一氧化碳/一氧化碳、一氧化碳/碳?xì)浠衔锖吞細(xì)浠衔?碳?xì)浠衔?。生成的碎片可以直接?dǎo)入到質(zhì)量模塊中，用于模擬質(zhì)量分布模式。

5.螺旋輪/網(wǎng):這個(gè)模塊顯示和操作螺旋結(jié)構(gòu)的順序輪/網(wǎng)顯示。

6.同位素分布圖:這個(gè)模塊預(yù)測輸入公式或序列的同位素分布圖，以1到3的電荷變化的或模式

7.Lib組合庫:本模塊預(yù)測組合庫(如肽庫)的質(zhì)譜，以1-3電荷的或模式進(jìn)行。直到最后一步才進(jìn)行質(zhì)量舍入，以確保準(zhǔn)確性。此外，該模塊將其預(yù)測能力擴(kuò)展到有機(jī)文庫:隨機(jī)變體可以是氨基酸、片段或兩者兼有。結(jié)果還包括隨機(jī)的截面殘余組合

8.主題發(fā)現(xiàn):該模塊通過模式識(shí)別預(yù)測序列中潛在的藥物活性位點(diǎn)。它有助于掃描預(yù)設(shè)模式或隨機(jī)重復(fù)模式、潛在的藥效團(tuán)，以及展示相同生物活性的加載序列。

9.分子量:這個(gè)模塊計(jì)算肽和蛋白質(zhì)的分子量。輸入可以通過常規(guī)的序列方案進(jìn)行，也可以通過構(gòu)建模塊如氨基酸和片段進(jìn)行。替代方案使模塊能夠計(jì)算復(fù)雜分子的分子量，例如具有保護(hù)基團(tuán)的肽、肽模擬物、長分子和分支分子等。原子量的進(jìn)一步使用通常擴(kuò)展了模塊計(jì)算任何化合物分子量的能力。

輔助描述

10.數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫管理:這個(gè)輔助模塊允許用戶管理在這個(gè)程序中使用的所有數(shù)據(jù)庫，如氨基酸數(shù)據(jù)庫，片段附加數(shù)據(jù)庫...等等。開放式設(shè)計(jì)允許用戶根據(jù)他們的特定項(xiàng)目定制數(shù)據(jù)庫。

11.序列序列加載器:這個(gè)輔助模塊允許用戶將序列加載并解析到相應(yīng)模塊的入口部分。專家系統(tǒng)自動(dòng)識(shí)別諸如側(cè)鏈、環(huán)狀結(jié)構(gòu)、假替換和附加加合物的屬性。